同时莫斯科组织了隆重的使团，前往米哈伊尔的封地科斯特洛马，迎接他来莫斯科登基。
当俄罗斯选举出新沙皇的消息传到波兰国王西格蒙德那里的时候，西格蒙德懊悔不已，早知如此，当初就应该及时派儿子弗拉迪斯拉夫去莫斯科做沙皇。
他在恼羞成怒之余，命令在俄罗斯各地的小股武装部队向科斯特洛马方向汇合，企图在米哈伊尔赴莫斯科途中行刺。但这些企图均未得逞，各地自发组织起来的农民武装发现并被歼灭了这些小股部队。
得知波兰派人行刺的消息，米哈伊尔和母亲玛尔法两人绕道抵达科斯特洛马附近的一座修道院，在那里遇到了莫斯科使团。
使者们原本满心欢喜地迎接米哈伊尔前去莫斯科登基，却没料到遭到了米哈伊尔和他母亲二人的严辞拒绝。
前几任沙皇，从戈东诺夫开始，接下来的两个伪季米特里，直至舒伊斯基，无一人善终，加上俄罗斯当时生灵涂炭，大厦将倾，在这个时候登基当沙皇，只能是凶多吉少。
莫斯科来的使者们苦苦劝说，反复阐述米哈伊尔必须做沙皇的理由，不外乎是已经传诏四处，全国臣民均宣誓效忠完毕，木已成舟，若逆民意而行，必遭天谴等等。
米哈伊尔实在不愿做这个沙皇，之前就引来杀身之祸，于是提出各种苛刻的条件，再三托推。
没想到无论米哈伊尔提出什么条件，莫斯科使团一概应允。
软磨硬泡之下，米哈伊尔无奈，只好被人架上沙皇位子，这时候他即将十七岁。
米哈伊尔的担心不是多余的：虽然在名义上混乱时代结束了，但是俄罗斯境内强敌四伏，实际上能够有效实行统治的只有莫斯科周围的一些地区。
在北方，瑞典占领了以诺夫哥罗德为首的七座城市，波兰占领着斯摩棱斯克和第聂伯河流域的大片土地，波兰国王西格蒙德三世仍旧虎视眈眈，认为俄罗斯沙皇的位子是属于他儿子弗拉迪斯拉夫的。
南方的克里木汗国鞑靼骑兵多年来第一次进入俄罗斯腹地，恢复了两个世纪以前中断的掠夺行动。
除了外敌的入侵，俄罗斯内患不断，多年动荡导致国库里分文皆无，吏治松散，贪污腐败现象如家常便饭，全国遍地饥殍，就连首都的居民也是面有菜色。
各地盗贼蜂拥而起，各地流窜的小股匪帮多如过江之鲫，此外以扎鲁茨基为首的乌克兰哥萨克人又拥戴玛丽娜·姆尼舍克和伪季米特里二世所生的儿子为沙皇，伺机要夺取俄罗斯沙皇宝座。
米哈伊尔既没有经验，也没有能力治理国家。他本人性格软弱，没有独立人格，对母亲和身边近臣的话言听计从，根本不具备一个统治者所应有的意志力。
这样尽管米哈伊尔名义上是沙皇，但实际上大权被掌握在朝中的大贵族们的手中。
1614年，扎鲁茨基和玛丽娜·姆尼舍克被沙皇的军队抓获。为了断绝后患，大贵族们通过沙皇下令，将玛琳娜四岁的儿子吊死在谢尔普霍夫要塞大门上，扎鲁茨基被砍头，玛丽娜·姆尼舍克被投入监狱。后来她死于狱中。
当时人们对玛丽娜·姆尼舍克的普遍印象就是，她信仰邪教，是一个令人生畏的女巫。
在她死后，有人诅咒罗曼诺夫家族，说米哈伊尔下令杀死年幼的儿童必将得到报应。
不想这个诅咒竟一语成谶，三百年后，少年的末代皇子阿列克谢和沙皇尼古拉二世一家遭到枪杀。
米哈伊尔登基后，朝中大贵族们不遗余力地开始平定俄罗斯内乱，对外则试图通过谈判归还被外敌占领的国土。
俄罗斯先是同瑞典进行了长期谈判，两国终于在1617年签订合约，瑞典将诺夫哥罗德、普斯科夫等五座城市归还给了俄罗斯。
但是作为交换，俄罗斯被迫将环绕芬兰湾的亚姆、伊万城等五座城市割让给瑞典，实际上是切断了俄罗斯通向波罗的海的通道。为形势所迫，俄罗斯不得已签订了这个条约，失去了在波罗的海的出海口。
俄罗斯同波兰的关系更为复杂，不可能采取对待瑞典那样，通过谈判解决问题。
根本原因在于波兰不承认米哈伊尔是俄罗斯的沙皇，坚持应该让波兰王子弗拉迪斯拉夫做沙皇。
俄罗斯试图劝说南方的克里木汗国和土耳其援助俄罗斯，共同进攻波兰，但是这一计划没能够得以实现。米哈伊尔曾发兵斯摩棱斯克，军事行动也以失败告终。
1617年，西格蒙德三世派弗拉迪斯拉夫领兵，前来攻打莫斯科，想要以武力夺取俄罗斯沙皇宝座。
1618年9月份，弗拉迪斯拉夫开始进攻莫斯科城，但被守城军队击退。在此后的战斗中，波兰军队受到重创，被迫放弃军事行动，转而和俄罗斯开始谈判。
最后两国签订了为期十四年的合约，俄罗斯割让给波兰大片领土，但波兰同时承认米哈伊尔是俄罗斯沙皇。
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