卡琳的到来让托德有些不知所措。
第一，他实在不知道，应当如何安排女孩的住所和食物；第二，他也隐隐约约感觉到对方的离家出走，或许和昨日的谈话有关，自己多少应该要背负一些责任。
女孩没有过多在意他的想法，在修道院中转了一圈，就打算将地下大厅旁的一间弥撒室，作为临时住所。
托德看过之后，立即表示了反对。先不谈让一个花季少女住在墓穴之下，这件事是否合适，单单房间的阴暗潮湿和闭塞气闷，就让他有足够的理由，为她另寻居所。
之后，僧侣学徒打算让卡琳住到山脚下的村子里，这样路程不远也并不显眼。可是对方要求一定住在实验室的附近，这一点让他极为头大。
最终，托德想到了一个无奈的办法。
他想方设法找来了几套僧侣的袍子，让卡琳乔装成修士以便她自由行动。接着打算将修道院图书馆中，用来存放经书的阁楼，偷偷摸摸的腾出一个房间作为女孩的寝室。无视了哈金斯得知这个主意后，捧腹大笑的模样，托德在几人的帮助下，总算在一个深夜，有惊无险的帮助她搬好了家。
接下来的日子里，僧侣的地下实验再也不是一个人单独工作，他的身边增加了一位虽然赏心悦目却又调皮难缠的女助手。
无论是前世还是现世，托德也是第一次感到师生之间的教学互动如此吃力，让一个生活年代滞后上千年的人，弄懂跨时代的科技无疑是一趟艰巨而又漫长的苦旅。
“你是说，我们的世界都是由小小颗粒组成的？”
“卡琳，我用的词是分子。”
“好吧，分……子，好奇怪的词。”
托德摆弄着手头的烧瓶，头也没回的说道：“除了分子，还有原子。分子可以构成物质；原子可以构成分子，也可以直接构成物质。”
女孩用量勺挖起了罐中的粉末，问道：“那等我们做好了显微镜，就能看到分子和原子了吗？”
托德笑了起来：“不，不能，我们制作的是光学显微镜，要想看到分子和原子，必须使用电子显微镜。”
“那我们为什么不直接制作电子显微镜呢？”
“额……不……不是不想制作的问题，而是……我们制作不了，首先要解决电的问题……。唉，卡琳，忘了我说的分子和原子吧，或许我们应该把眼光再放近一些。制作好这台显微镜后，我可以先让你看见一些肉眼看不见的小动物，比如细胞或者鞭虫。”
女孩对这种敷衍的说法明显不满，瘪着嘴巴，恼火的用研磨棒重重敲击着碗中粉末。
看见她的表现，托德只能重重叹了口气。
忙碌了整整十一天，尝试了上百次的原料提纯、材料配比、混合烧制、去污浮杂，经历了数不清的失败后。托德总算确认了最佳的光学玻璃制作工艺。
第一步是最基础的玻璃原料配比，按照比例加入纯碱、石灰石、石英等材料。
第二步加入氧化硼，增加耐热性和化学稳定性，使得玻璃熔融温度降低，可抵抗钠蒸气腐蚀。
第三步加入少量的氯化银，使得硼化玻璃的光学敏感性增加。
第四步加入极少量的氧化铜，作为敏化剂以调解玻璃的光学反应速度。
第五步是烧熔，将配好的原料经过高温加热，形成均匀的无气泡的玻璃液。
第六步是成形，将玻璃溶液倒入事先备好的模具中，等待其固化成形。
第七步是退火，将逐渐凝固的玻璃，缓慢降温至常温。
最后一步，也是最困难的一步。
磨制透镜。用天然金刚砂仔细打磨透镜的表面，确保透镜的聚光能力和成像准度。由于没有专业的验光仪器和光感设备，托德只能用最原始的直光测量法去手工打磨透镜。由于熟练度和匹配度低下的问题，他整整花了五天的时间才磨制出勉强能用的产品。
目镜只有5倍和10倍，物镜只有10倍和40倍，这个数字还是人工测量而出，仍存在极大的误差。
聚光镜因为来不及制作镜子，只好用铜进行替代。
没有车床（其实是因为他不懂机械学）做不出机械旋钮，就用卡槽去调节高低。
观察台就是一个简单的木架子。
当托德自己做好这台简陋到极致、丑陋到发指的显微镜后，第一个念头居然不是欢呼雀跃，而是砸了重做。花了好大一番功夫，他才抑制下内心的这股冲动。
对于这台花费了巨大心血制造的设备，卡琳不仅没有丝毫的不满，相反当她把自己的头发放在观察台上时，女孩顿时觉得这是世上最伟大的发明。
托德制造显微镜，自然不是为了观察头发那么简单。
从哈金斯那里取来了手部血液样本，从埃德加那里取来了腿部活体组织样本，再将放大比例调整到400倍，他终于能够看到二人异种能力真正的本源——细菌。本来，他还打算尝试与卡琳商量，提取她的体液进行化验，不过对方在听到采样一词的厌恶表情，让他立马打消了这个念头。
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