朱由崧得知后大惊，又找来几位曾经在京城教过太子读书的翰林辨认，在见过“太子”后，只有一位叫王铎的翰林，说这人不是真太子，其它人都莫不做声，没有表态。 这个时节，宫里传来消息，当初在东宫服侍太子的那两个太监回到皇宫后，直接被弘光帝朱由崧打死了。于是所有人都怀疑太子是真，朱由崧想要杀人灭口。
由于朱由崧失尽民心，驻外武将和全国军民对太子存有幻想，因而一致相信“太子”是真。
驻防庐州的靖南伯黄得功、驻守武昌的左良玉、坐镇九江总督军务的袁继咸、总督湖广四省军务的何腾蛟先后上疏，主张“多召东宫旧臣辨认”，没有最终认定，不能随便杀害。这让朱由崧不敢贸然杀人，这位“太子”就一直被囚禁在狱中。
本身就已人心浮动，从文臣到武将，再到黎民百姓，都认为被关起来的太子是真。
于是在民间又有传说，当今弘光帝朱由崧根本就不是福王的亲子，福王子孙在当年已经全部被李自成杀死，马士英为把持朝政，随便找了一个男子，把它当做福王儿子，于是所有的矛头开始对向马士英和弘光帝朱由崧。
镇守武昌的左良玉拥兵自重，平日与东林党人关系不错。对马士英、阮大成党把持的弘光朝廷早已心怀不满。听说“太子”被囚，早就不满左良玉拍案而起，自称有太子手谕，以“清君侧”为名起兵，要进南京讨伐马士英，掀起了弘光朝最大的一场内乱。
在左良玉兴兵的同时，南下的清军也开始大举进攻，攻打扬州、泗州、徐州等地，很快就要打到南京城下。左良玉鲁莽的行为使弘光朝廷不得不双线作战。
南京城破之际，弘光帝带着一部分人的撒腿就跑。弘光帝一跑，以监生赵秦为首的民众就打开大狱，迎出“太子”，想让他做了皇帝。
但担任南京守备的赵之龙立场坚定，果断制止，皇帝刚跑路，你们就另立新君，成何体统。然后，他就和钱谦益、王铎等人向大清朝豫亲王多铎献城投降了。
朱由崧乘夜弃城出奔，南京城中一片混乱。在逃到芜湖一带时，跟着朱由崧总兵田雄、马得功、丘钺、张杰、黄名、陈献策冲上御舟，劫持弘光帝，将其献给前来追杀的多铎。
在擒获弘光帝后不久，那位“太子”也成清军的俘虏，多铎故意摆下宴席，请弘光帝和“太子”赴宴。
酒席中，多铎让“太子”坐在弘光帝之上，并当面指责弘光帝：“崇祯太子大老远逃难至，你不让位，还将其下狱囚禁，于心何忍？”
弘光帝无话可说。之后，他被清军押送到北京处决。真假难辨的“太子”也被一并处死。
从此，唯一有希望保住大明半壁江山的弘光小朝廷覆灭了。
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