崇祯九年（1636年）再擢为右佥都御史。此时，以整齐王为首的农民起义军正雄据商洛（今陕西商州市、洛南县一带）之地，严重地威胁着明朝在陕西的统治，陕西巡抚甘学阔多次镇压失利，陕西士大夫请荐孙传庭督秦，孙传庭遂于崇祯九年三月巡抚陕西。孙传庭到任后，令副将罗尚文率明军进击商洛地的起义军，并诛杀了整齐王。不久，农民起义军又在关中地区展开斗争，孙传庭在陕西周至的黑水峪之战中镇压了起义军中势力最强的高迎祥部，并俘杀了闯王高迎祥。当陕西的起义军屡遭挫折之际，活动于河南的起义军马进忠、刘国能等17部进兵渭南。孙传庭急忙联络河南明军对起义军进行围追堵截。
崇祯十年（1637年）初，马进忠等部再渡西折入陕，进袭商州、洛南、蓝田等地。孙传庭率部与各路明军以优势兵力接连打击了起义军圣世王、瓜背王、一翅飞、镇天王等部，才使关中以南地区趋于平定。过天星、混天星的起义军从徽（今甘肃徽县），秦（今甘肃天水市）等地经凤翔将通向澄城时，孙传庭指挥其部分五路合击该起义军于杨家岭、黄龙山一带，捕杀二千余人，又在（鹿阝）州（今陕西富县）以西、合水以东的方圆三、四百里的深沟峡谷内采用分兵堵截，机动设伏的战术再败起义军，并打退了驰援陕西起义军的马进忠、马光玉所率领的宛、洛之部后，又与洪承畴在潼关南原以重兵埋伏，使闯王李自成部几乎全军覆没，李自成仅以18骑兵突围而走。至此，陕西境内的起义军几被镇压下去。
此后因孙传庭为与杨嗣昌在“十面埋伏”和北京保卫战方略上有不同意见而遭到杨嗣昌的打击报复，于崇祯十二年入狱。
方孔炤(1590——1655)，安徽桐城（今桐城市区凤仪里）人。字潜夫，号仁植。明神宗万历四十四年(1616年)进士，授嘉定州知州。明末清初画家、哲学家、科学家。方以智的父亲。湖广巡抚，在剿匪中八战八捷，立下赫赫战功。崇祯十三年正月，其部将杨世恩、罗安邦奉调会合川、沅兵剿围竹山义军。两将率兵深入至香油坪而败，杨嗣昌既以孔炤抚议异于己，又忌其言中，遂因此弹劾方孔炤，同月十三日逮下诏狱。儿子方以智写血书替父伸冤，方孔炤得减死戍绍兴。
这两个人都是和杨嗣昌不合而遭到下狱和发配的，此刻杨嗣昌正在西南主持剿匪，如果自己启用这两个人，杨嗣昌会怎么想？崇祯不得不考虑这个问题。崇祯内外焦急，痛苦不已，忍不住大哭道：“祖宗三百年江山，从来无此惨变。朕御极以来，敬天法祖，勤政爱民，未有失德。没想到流贼如此猖獗难制，祸乱愈演愈烈，竟至洛阳失守，福王被戕。亲王死于流贼，三百年来是第一次。朕如何对得起神宗皇爷！”说毕又大哭起来。
他为着向上天加重自我反省的力度，不仅“撤乐减膳”，连荤也不吃了。虽然他平日非荤不饱，对完全素食很不习惯，但是他毅然下了决心，传谕御膳房，百日之内不要再为他预备荤菜。三天以后，皇后怕损伤他的身体，率领田、袁二妃来乾清宫劝他停止素食。他摇头拒绝劝解，含着泪叹口气说：“朕年年剿贼，天天剿贼，竟得到这样结果！朕非暗弱之君，总在为国焦劳，励精图治，可惜上天不佑，降罚朕躬。朕不茹荤，不饮酒，只求感格上苍，挽回天心耳。你们好不晓事，不明白朕的苦衷！”
为着福王的世子朱由崧和福王妃都逃到豫北，还有其他逃出来的宗室急待救济，而国库十分空虚，崇祯只得在宫中筹款。他自己拿出体己银子一万两，皇后拿出四千两，田妃三千，袁妃二千，太子一万，慈庆宫懿安皇后一千，加上慈宁宫皇祖宣懿惠康昭妃和皇考温定懿妃各五百，共凑了三万一千两银子，命司礼监太监王裕民前往豫北慰问王妃、世子，赈济诸逃难宗室。又命老驸马冉兴让代表他往太庙祭奠二祖列宗的神灵。
几天以后，李自成进攻开封的飞报到了北京。崇祯大骂河南巡抚李仙风该杀，下旨严加切责，命他火速回救开封，立功赎罪。又下旨将警备洛阳的总兵王绍禹逮京斩首。他很担心开封失陷，中原大局从此不可收拾，在乾清宫俯案哭泣，还不住捶胸顿足，仰天悲呼：“苍天！苍天！你不该既降生一个献贼，又降生一个闯贼！”
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