建奴政权虽然宣告灭亡，但是许多躲过了大规模战争的建奴余部依旧在辽东长城外出没。为了稳定辽东省的局面，宋友亮又展开了对辽东长城外的建奴余部的清剿。主要的方式有两种，第一种就是扶植亲明势力，首选就是黑龙江流域的索伦部
索伦汗国，曾经是明朝属国，由索伦族、鄂伦春族、达斡尔族、蒙古（布利亚特）族组成，互相联姻，近亲关系，同信:索伦传萨满教。索伦族和鄂伦春族属于通古斯语族，达斡尔和蒙古（布利亚特）族属于蒙古语族。由于长期友好相处，相互吸收了对方语言的语汇和形态，相互学说对方语言，所以能够相互通晓语言，自由交流思想感情，进行社会交际。
永乐年间，明朝于索伦汗国境内，在贝加尔湖东北的巴尔津河、上安加拉河流域设立了卜剌罕（burhaan)卫，额尔古纳河、根河流域设立了坚（geen)河卫，额尔古纳河口下方的阿木扎尔河、漠河地方设立了木（mur)河卫，乌里苏河（今写涅威尔河）流域设立了兀里溪山（uliscien)卫，结雅河下游左侧主要支流吉柳伊河流域设立了古里（giliwur)河卫……这些河卫的指挥使、指挥同知、指挥佥事均由明朝政府任命，他们也兼任索伦汗国和地方的军政长官。索伦汗国是明朝统一版图内的一个属国。
1636年（天聪十年），皇太极改国号为大清，改族称为满洲，改元为崇德。索伦部首领博木博果尔也顺应潮流，1637年（崇德二年）6月，率八人来朝，贡纳马匹、貂皮；1638年（崇德三年）11月，带领瓦代、噶凌阿等人来朝，贡貂皮、猞狸、狲等物。表示臣服*，承认清太宗为他们的最高统治者。同时，皇太极利用达斡尔头目巴尔达齐，作为“索伦部” 中的代理人，将皇女嫁给巴尔达齐为“额附”（即 万方数据附马）。从此，巴尔达齐朝贡不绝。清统治者在建国初期把“朝贡”作为政治上确立隶属关系的重要标志。博木博果尔代表索伦部与大清政权虽然建立了朝贡关系，但因来朝较晚，朝贡也不频．还不那么“益修恭顺”，清统治者不太满意，“虑其势盛不可制”，把博木博果尔视为拦路虎，企图拔掉这个绊脚石，另选恭顺之人取而代之，丽对博木博果尔冷淡，对巴尔达齐礼遇独厚，在他们中间挑拨离间，制造分裂，致使博木博果尔心中不平，激起了对清廷的不满。第二朝贡后不久一年未来朝贡，清统治者就视为博木博果尔“既而叛去”，便成了诉诸武力的所谓理由。 皇太极在准备进攻明朝之前，为了消除后顾之忧，并积蓄力量，达到“征服过来，为我效力”的目的，对已归服大清国的索伦部，借口博木博果尔“既而叛去”为由，兴师动众，诉诸武力，从1639年（明崇祯十二年、清崇德四年）底开始遭兵征讨索伦部，连续发动3次战役，时间长达三年零七个月。
皇太极自1639年12月2日起，遣清军人至呼玛河口，兵分两路，分进合击索伦部，自额尔古纳河口至精奇里江之间黑龙江沿岸摆开战场，以博木博果尔所属的铎陈、阿萨金、雅克萨、多金四木城为主要攻击目标，打响了第一次战役。“四木城”人为保卫生命和财产，不畏前来掠夺的清军，在博木博果尔的指挥下，纷纷拿起狩猎用的弓箭、扎枪及木棍、石块等为武器抗击清军，给清军以迎头痛击，使左翼军受阻，右翼军副将叶克书前来助战，火攻木城，焚烧城屯，乘火势占领了雅克萨城。然后，萨穆什喀率左翼军深入，令八旗各章京各率‘20人前进，至兀库尔城。时有达尔布尼、阿哈都护、白库都、汉必尔代4人，集中7个屯之人在兀库尔城抗击清军，坚守一整天，至晚清军“举火”焚城之后才失守，博尔博果尔的胞弟噶凌阿及妻子220人被俘，关押于兀库尔城。在这紧急关头，博木博果尔一声令下，各城屯民众一呼百应，群起而攻之，有索伦、达斡尔（除巴尔达齐居住的多科屯外）、鄂伦春民众6000人来战。此时，清军主将“闻各路报，博木博果尔 索伦之兵来战……兵共六千来袭”，立即集中兵力，准备反击。博木博果尔亲自率领乌鲁苏城的索伦兵，指挥各路队伍袭击了集结在铎陈城一带的清军主力，重创清军，打死打伤ｌ300多人，使清左翼军损失惨重。后来正白、正红、镶黄三旗清军相继投入战斗，博木博果尔被围困在激战中率200多人突围，博木博果尔终于因寡不抵众而失败。清军占领城屯16处，在战斗中索伦部民众亡400人，被俘7604人，清军夺牛马ｌ128头匹，收毛皮5400张。并把俘获的7604人。按照皇太极“令其从军役使”的旨意，发落到沈阳、锦州等地为军役和奴隶，均改称为 “新满洲”达到了掳掠有生力量补充兵员的目的。博木博果尔战败后，带领一部分索伦民众跋山涉水转移到贝加尔湖以东的赤塔河流域休养生息。皇太极得知后，1640年9月12日遣甲喇章京席特库和济哈赴哈藩（漠北）蒙古，率其官属兵丁350人第二次征讨博木博果尔。席特库奉命率外藩蒙古兵往追，路经喀尔喀蒙古车臣汗部，经两个半月至甘地（堪斯克），俘获博木博果尔之弟布古德和妻子及174人，斩18人，又向南经14天抵齐洛台（今俄联邦境内赤塔市）。此时，博木博果尔还立足未稳，席特库出其不意，突然袭击博木博果尔营地，擒获博木博果尔和妻子及其部众956人，斩4人，获牛马844头匹。并把博木博果尔押送到盛京，后来被清朝封为和硕亲王，1656年（顺治十三年）8月22日逝世，终年60岁。同时，把俘获的956人及同年7月从黑龙江上游来归的ｌ348人共2304人，约600多户，流放在今齐齐哈尔附近的昂昂溪、古龙沙漠一带，分编为八个牛录，而被称为“牛录索伦”，保持了“索伦”称谓。 皇太极临死之前，对索伦部仍不死心，又遣护军统领阿萨金和哈宁喀率兵对索伦部中剩余的北路库尔喀（虎儿哈）部第三次征讨，收服2817人（包括索伦、卦尔加、黑斤等人），夺牛马719头匹。将其中的青壮年男子编Ａ八旗为兵丁，把妇女、儿童分别赏给满族出征将领为奴隶，并改称为“新满洲”。
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