不出宋友亮的预料，当倒幕军得到江户暴乱的消息时，便冒险绕过小田原直扑江户。可由于在小田原耽误了时间，等倒幕军到达江户时，幕府军已经平定了暴乱，由井正雪和长宗我部盛澄等一班骨干人员在锦衣卫的掩护下从海路撤退，逃亡中国。
于是幕府军以逸待劳，一举击破了宇喜多秀家指挥的倒幕军。于是倒幕军向京都溃退。
京都，是当时日本的国都、佛教中心、神道教圣地、文化艺术摇篮，位于本州岛中西部，座落在京都盆地北部，东距日本第一大湖琵琶湖仅5公里，东、西、北三面有丹波山地、比良山地和贵船山地环绕，市区随京都盆地向南面大阪湾敞开为巨型口袋形状地处低平盆地，三面环山。卡莫河、桂河等河流经市区与市南丽河会合。公元794年（延历13年），当时的桓武天皇为断绝佛教涉入政治的恶风，把皇都由奈良迁到长风，同时派人营造现在的京都城，随后把国都迁到京都，当时称之为「平安京」，京城型式制度完全仿照中国长安城的体制，桓武天皇并仿中国大唐的律令制度，整顿日本的政治，同时建立新的佛教宗派，使政教分离。在鎌仓幕府形成之前的一千多年中，京都可说是日本的政经文化中心，到了丰臣秀吉、织田信长时代，虽然皇权不张，但两朝大将军对京都的体制保护有加。
整个京都城城区房屋依盆地山坡而建，街道上下起伏，高野川和贺茂川在市区汇合成鸭川向南流入桂川，青山绿水，交相辉映，神殿古庙、皇宫御园分布在起伏的街道两侧，错落有序。城北中央为皇室所在的宫城，宫城之外是作衙署之用的皇城，而皇城之外是作为一般官吏、平民居住的都城。全城面积约20平方公里，呈长方形，街道纵横，对称相交，形如棋盘，因而日本人总喜爱称京都为“洛阳”、“洛城”。
皇宫西南是幕府将军是在十几年前建立的二条城，也就是将军府。永禄十二年（1569），织田信长在足利义昭的居处开始兴建二条城。天正元年（1573），信长流放义昭后烧毁了这座城，然后在其它地方另筑二条御所，并将之献给城仁亲王。天正十年（1582），本能寺事变爆发。信长长子信忠在二条御所放火自刃。关原之战后，得到天下的家康在京都会见丰臣秀赖时重新修筑。这座二条城高墙深堑，戒备森严。虽然将军一般不住在京都，但他在京都拥有的宫殿跟皇宫的规模差不多，这个府第拥有良好的防御措施。建有东西约500米、南北约400米的高大围墙，并挖有壕沟。二条城内名为“鹂鸣地板”的走廊，人行走其上便会发出黄莺鸣叫般的响声，是幕府统治者为保全自身安全而设的报警机关。本丸御殿和二之丸御殿为二条城的主要建筑。“二之丸”的建筑很有特色，殿内墙壁和隔门上画有猎野派画家的名画，精美绝伦。每年梅花和菊花盛开的季节是游览的好时机。
“什么？要朕去二条城？”后水尾天皇政仁一听到二条城这个名字就来气，三年前，德川家光邀请后水尾天皇造访二条城。本来日本历史上只有作为臣子去谒见君主的惯例，但德川家光为了显示自己的地位和权势凌驾于天皇之上，提出要天皇到江户拜访将军。虽然后来改成了天皇出巡二条城，但由于二条城是将军在京都的行宫，后水尾出巡二条城也象征着天皇朝廷彻底向武家政权屈服。
“不~朕不去！”政仁拒绝道
藤原吉政急了，“陛下，幕府军已经逼近京都了，臣已经排除使者向大明求援，我们只要固守待援，等到援军一到，陛下恢复天皇权威的日子就指日可待！”
虽然当初藤原吉政拍着胸脯说如果幕府要追究下来，他愿意承担一切罪名，但是现在一定要保护好天皇，没了天皇，也就失去了一切。所以，经过与宇喜多秀家等人的商议，众人决定把天皇及皇室成员全部迁移到二条城保护起来。虽然政仁一百个不情愿，但最后还是半推半就地被藤原吉政护送到了二条城。
五月一日，幕府大老酒井忠胜率领十万幕府军抵达已经被包围的京都城，由于倒幕军惨败，各路诸侯纷纷向幕府方面表示了效忠之意，再没人敢来进行所谓的勤王了。就连米泽藩的上杉纲胜也把岛津久光和毛利秀就写给自己的书信送到了江户，并亲自领兵五千人参加幕府的讨伐军
酒井忠胜一到，立即命令攻城，蚂蚁般的幕府军队拼命攻向京都城。逃回京都的岛津久光、毛利秀就、宇喜多秀家和松浦镇信等人仓皇逃离京都，把藤原吉政和天皇撇在二条城不管了。
当天下午四点左右，幕府军队攻克了京都城，迅速向御所（皇宫）和二条城挺进。御所基本没有什么抵抗，因此幕府军队很快就攻了进去，但他们发现，天皇一家根本就没在御所里。
很快，从捉获的俘虏那里得知天皇在二条城的消息，着实让酒井忠胜吃了一惊，他开始觉得这件事情很棘手。二条城防御的坚固他是知道的，即使能攻进去，里面的机关也足以让他们吃不少的苦头，更何况天皇在里面，是无论如何不能让天皇受到丁点损伤的。无奈之下，酒井忠胜命令手下不得动用大筒（大炮）、铁炮和弓箭，只能用刀枪硬攻，免得误伤天皇。虽然天皇只是一个橡皮图章，但是万一受伤，自己还是担待不起的。
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