后来，石井四郎考入京都帝国大学医学部，毕业的时候，二十八岁的他就决心成为一名陆军军医，为了倭国和天皇效劳。
在倭国的陆军中，军医的最高军阶只能到达中将，然而石井四郎不止一次的叫嚣：“八嘎，以我的能力，做一个大将有何不可？”
大学毕业后，石井四郎顺利的进入近卫步兵第三联队，作为见习士官，接受军训。五个月以后，石井四郎被任命为军医中尉，分配到近卫师团。
不久后，石井四郎以代培学员的身份再入京都帝国大学，进研究生院学习和研究细菌学、血清学、防疫学、病理学和预防医学。
在此期间，石井四郎对这些医学知识的研究，已经陷入了走火入魔的程度，很多时候都忘记了吃饭。
当年，倭国爆发了一种怪异的昏睡病，仅仅三五个月，就死了上千人。突如其来的疾病，打了倭国政府一个措手不及，一时间倭国上下人心惶惶。
石井四郎临危受命，组建调查小组，但当时倭国的钱都用来造飞机大炮了，哪里还有闲钱治病救人。为了解决调查经费不足问题，顺利进行调查，石井四郎慷慨解囊，卖掉一部分林地，凑足经费，而且且不顾传染的危险，深入疫情区现场调查。
实际上，石井四郎之所以这样做，并不是因为他有多么悲天悯人，而是出于对细菌研究的狂热劲，但这却被人们顶礼膜拜，视为英雄。
也因为这件事，几个月后，石井四郎晋升到了陆军军医部大尉的位置。
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