但林丹这次损人不利己的行动，却彻底把漠南蒙古理论上的统一也给打了个粉碎！并在短短几年后，彻底葬送了整个漠南蒙古。
这次西征导致的直接后果就是漠南蒙古诸部除部分被林丹兼并外，有的逃散，有的西迁进入青海甘肃境内，还有很大一部分归顺了后金，导致漠南蒙古彻底解体。而林丹本人也丢失了自己的祖业——位于西辽河流域富饶的察哈尔本部草原。
其实早在几年前，漠南科尔沁蒙古就在林丹的几番骚操作下，一步步地把科尔沁人推入到了后金的怀抱中。
在科尔沁部投入后金阵营，内喀尔喀五部已被后金降服的情况下，刚刚接手后金汗位的皇太极，就开始向林丹汗的察哈尔直属本部渗透。
林丹直属的察哈尔本部的八个鄂托克中，奈曼和敖汉部分布在最东边，夹在林丹的察哈尔和皇太极的后金之间。在这两头大象面前，他们哪个都得罪不起，但这个两鄂托克毕竟都是纯正蒙古人出身，高贵的黄金家族嫡系后裔，有着自己的骄傲，他们不到万不得已不会投靠后金。并且投靠后金对于蒙古贵族们来首一点儿好处没有，意味着自己土皇帝日子的结束，从此过上寄人篱下的所谓“好日子”。
但为了部落生存和自己土皇帝日子能够继续，两部不得不充当调停人角色，希望后金和林丹能够和平相处。
天启七年年初两部派绰尔济喇嘛去沈阳与皇太极议和。皇太极不仅暗示两鄂托克归顺后金，还要求直接与林丹汗通使。林丹汗得知自己的两个鄂托克私通后金的事情后，没有换位思考去理解他们的难处，反而立即兴兵讨伐奈曼、敖汉，两部不堪林丹的压力，不得不在天启七年六月归附后金，并与皇太极订立盟誓，这次是真的背叛了林丹。
另一方面，由于林丹率主力西征，留守的西辽河流域察哈尔本部蒙古人，在严重的饥荒和后金的军事打击下开始瓦解，不仅先前受到林丹猜忌的奈曼、敖汉两鄂托克投靠后金。后来阿喇克卓特眼见局面已经不可挽回，指望林丹汗回师救援已经不可能，为自保也归降了后金。
余下的浩齐特、乌珠穆沁、苏尼特三鄂托克看到后金对归顺蒙古人压迫甚重，台吉那颜们除了一些虚名外，几乎被剥夺了一切，这几个鄂托克则转身北上投奔了北华。
本部留守的察哈尔人解体后，皇太极看到时机已经成熟，就率部亲征察哈尔，并于当年九月吞并了察哈尔蒙古在辽河河套的故地和蒙郭勒津部的口外之地。
至此，林丹汗仅据有宣府镇关外以西的河套和土默川一带，昔日庞大的漠南蒙古共主，名义上的全蒙古大汗，如今仅余漠南蒙古右翼的西部一隅苟延残喘，先祖阿勒坦汗的毕生心血就此被林丹给败了个干净。
更让林丹气得吐血的是年轻气盛的崇祯皇帝继位后的第一件事情就是对蒙古地区“尽革其赏”，林丹汗派去索赏和要求“互市”的大臣贵英恰也被明廷所杀。
原本以为攻下右翼蒙古就能利益全得的林丹，这下子闹了个竹篮打水一场空，恼羞成怒的他于崇祯元年六月大举入侵大同，屠杀了明朝军民数万人，并险些攻陷大同城。
崇祯原本还想着依靠右翼蒙古诸部共同抵御林丹汗，但没想到林丹打后金不行，攻打右翼蒙古和明军却如砍瓜切菜一般顺利，一下子把崇祯给打蒙了。
整个崇祯元年的下半年，林丹持续地对明朝边境地区进行攻击，搞得大明九边处处告急，请求支援的奏章雪片般地往皇宫里呈送，被林丹搞得灰头土脸的崇祯不得不咬牙切齿地又恢复了“市赏”。
归化城（呼和浩特）简易破败的的宫殿里，林丹盘腿席地而坐，当然，地上铺了厚厚的地毯。
“怎么会搞成这样子”？林丹喃喃自语道：“我是全蒙古的大汗，我来统一全蒙古有错吗？”
“大汗！您要想开些，现在的局面又不是山穷水尽了，虽然咱们丢掉了西拉木伦河畔的故地，但获得了右翼诸地，并没有吃什么亏。并且明廷不是迫于大汗的压力又重开了互市嘛？以后会好起来的，只要能获得南朝的粮食援助，咱们就能很快度过眼前的难关。”
说话这人是林丹的首席智囊，从西藏来的大喇嘛“萨迦”派法师沙尔呼图克图，正是此人在十余年前力劝林丹由黄教的（格鲁派）改宗红教的萨迦派。
林丹当时也是鬼迷心窍，竟然就听从了这个远来僧人的忽悠，就此真的改了宗。岂不知此时黄教在广大蒙古地区经过长期的传播，已经根深蒂固，林丹本人的突然改宗，无疑加剧了信奉黄教的蒙古诸部对大汗的离心力。
“法师不要开解了，我自己清楚现在的处境，现在左翼诸部多被建奴吞并，余者逃散；右翼诸部虽被收服，但并不归心，现在逃亡的部民日甚一日；并且这饥荒也没有缓解的迹象，本就不多的牲畜一天天的瘦弱下去，长此以往，局面不堪设想啊！”
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