第二天一大早，袁崇焕又召集众人，包括东江的将士们一起祭奠毛文龙，在摆满酒肉等祭品的供桌前，袁崇焕演戏似地嚎啕大哭！哭得涕泪横流、情真意切，那叫一个悲痛欲绝。
一边哭还一边说道：“毛大人您一路走好，你我之间并无任何私愤，兄弟昨天杀你，是为朝廷的律法，皇命所托不得不杀。今天祭奠你，是咱们身为同僚、友人的情分。毛大人一路走好，家中事情也不要担心，当今圣上慈悲，说过不会株连您的任何家人和部下，您的家人因为您的荫护所得的官职也都不会取消。”
祭奠仪式结束后，袁崇焕紧接着又当面安排东江镇新的人事任命和安排，他把东江的四协兵马分别任命毛文龙的儿子毛承祚、副将陈继盛、参将徐敷奏、游击刘光祚掌管。
袁崇焕又收回毛文龙的敕印、尚方宝剑，令副将陈继盛暂时代管。随后又犒劳全体在岛军士，传檄安抚各岛百姓，废除毛文龙制定的一部分苛政等。一直忙活了好几天把善后事宜基本处理完之后，袁崇焕才志得意满地乘船返回辽东。
回到宁远后，饶是胆子大破天的袁崇焕，心里边也非常清楚擅杀毛文龙实在不是一件小事情。回去之后的他第一件事，就是把自己擅自用朝廷的名义诛杀毛文龙的事情上书详细禀报了崇祯皇帝。
在奏章的末尾，袁崇焕强调说：“毛文龙作为大将，不是臣可以擅自诛杀的，所以臣谨席橐待罪。”时为崇祯二年——公元1629年农历六月初五，公元1629年7月24日。
崇祯突然得知这个消息，大吃一惊，瞬间勃然大怒！但在王承恩等心腹太监的劝解下，想到毛文龙既已死去，此时辽东的事情还得指靠着袁崇焕。崇祯没奈何，只得捏住鼻子暂且背了这口大锅。
果真如袁崇焕事先预料到的那样，为了掩天下人之口，替袁崇焕擦屁股，崇祯还以赞赏的态度下诏褒奖了袁崇焕。
之后朝廷又传旨公开毛文龙的各种罪行。
不久之后袁崇焕又上书说：“毛文龙不过一介匹夫，目无法纪竟至于到了这种程度，他在东江宛若甚至简直就是土皇帝一个，此皆因海外天高皇帝远，朝廷督察不便而致。”
“据臣清点，整个东江镇所辖的军民总数不过二十余万，老弱残兵加在一起尚不足五万，其中能上战场的青壮兵丁不过两万余人，毛贼竟敢假称十万，擅自设将领千人，并以此向朝廷索要粮饷。现在毛贼既然已经伏诛，臣以为在东江不能再设总帅之职，就以陈继盛代行其事……”
朝廷自然是一一应允。
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