从登上皇位开始，他就一直想要接触京城的军队，也就是所谓的京军。但是很显然那些把持着京军的勋贵们，并不愿意皇帝去了解京军的真正情况，因此这会损害他们吃空饷的利益。
到了天启七年，京军已经算不上是一只军队了。它更像是国家以低廉薪水雇佣的一群奴仆，只要有权力者都能免费使唤他们。在这种情况之下，稍稍有些志气的军户都逃亡了，而外军则对入京班军闻之色变。
就算是忠于大明皇室的英国公张惟贤，也对此无能为力。京军已经完全烂到了根子里去了，张惟贤也不愿意为了大明皇室和整个勋贵阶层作对，毕竟200多年来勋贵之间的互相联姻，已经让大明的勋贵成了骨肉相连的一个怪兽了，打断骨头还连着筋呢。
当张惟贤指示京军中的部下不许配合锦衣卫的摸底调查时，朱由检就已经明了了。这位英国公效忠的是大明皇室，而不是他朱由检。
对于张惟贤的举动，朱由检选择了隐忍和退让。他收回了对京军调查的锦衣卫小组，开始埋头整理宫内和厂卫的内务。到了今天，宫内二十四衙门已经完全俯首贴命，朱由检这才开始准备对厂卫大动干戈。
对于田尔耕、崔应元、许显纯这些前锦衣卫高官，朱由检是不打算留他们在锦衣卫中枢了，或者说是暂时不打算留他们了。一来这些人已经被东林党人操纵舆论，成了酷吏的代表。继续把他们留在锦衣卫中枢，只会把锦衣卫的形象破坏殆尽。二来这些人下去之后，朱由检才能提拔可信任的人上来。
但是就这么把他们赶出锦衣卫，却又太浪费了些。田尔耕、崔应元、许显纯这些人，这些年干倒的一二品高官不少，在东林党人的宣扬下，他们在外可是凶名赫赫。
在某些时候，恶名也是一种威慑力。比如在清理军屯的过程中，派其他不知名的人去，也许这些卫所军官和地方缙绅还会试图做些什么。但是如果让田尔耕去干这件事，这些军官和缙绅就会思考下，为了几亩田和田尔耕作对是不是值得？这位曾经的阉党爪牙手中，可是沾满了士人的鲜血的。
而对朱由检来说，使用田尔耕如果激起了地方上的矛盾，他抛弃田尔耕不会有任何心理负担，了不起就是推迟几天发配云南的事。
朱由检正在想着自己计划的时候，一个嘶哑干凅的声音响了起来，“下臣，愿意为陛下效力，清查京城附近的军屯事宜。”
朱由检恍惚了下，顿时从思考中清醒了过来。他看着跪在面前的田尔耕咧了咧嘴，然后说道：“你可是想清楚了？清理军屯一事可不是什么好干的事，北京附近势官豪族多如牛毛，你若行事不得法，就算朕贵为天子，也只能保证你的家人无恙。不过若是你下去就是给我和稀泥，打算蒙混过关，就算缙绅官吏不与你为难，朕一样不会放过你。”
田尔耕额头汗水涟涟，但是他反而慢慢直起了腰板，进房间后第一次抬头对上了崇祯的目光，坚定的说道：“既然陛下亲口承诺，保证臣的家人无恙，则微臣还有什么可求的，自当为陛下赴汤蹈火，在所不辞。”
朱由检终于满意的点了点头，对着王承恩吩咐道：“给田都督赐座上茶，朕要好好和他谈谈。”
田尔耕赶紧推辞道：“陛下面前如何能有臣的座位，臣万万不敢在君前失仪。”
朱由检只是很平静的说道：“不必多想，朕让你坐着说话，是因为朕需要的是做事的人才，而不是奉承朕的奴才。议事之时不论君臣，只问实际。清理军屯一事非同小可，若是你和朕议论时都不敢畅所欲言，我看你这差事还是趁早别干了，免的朕用你的脑袋去挡住朝中悠悠之口。”
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